La Copa Presidente 1999-2000 fue la primera edición del torneo Copa Presidente. Sus resultados son poco conocidos, ya que solo se tienen registros de las semifinales y la final.
Fase eliminatoria
Equipos calificados
Los nueve ganadores de grupo y los tres mejores segundos clasificados de la fase de grupos se clasifican para la fase final.
Equipos semifinalistas
Los tres ganadores de grupo y el mejor segundo clasificado de la fase de grupos de cuartos de final se clasifican para la semifinal.[1]
Semifinales y Final Nacional
Final
Referencias



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